西暦2002年。街では、人々が忽然と失踪する事件が連続発生していた。真相を追うネットニュース配信社の「OREジャーナル」に所属する見習い記者、城戸真司は失踪者の部屋を取材中、奇妙なカードデッキを発見。その力で仮面の戦士に変身してしまった真司は、鏡の中の世界に迷い込み、自分と同じような仮面の戦士がモンスターと戦う光景を目撃する。
命からがら現実世界に戻ってこれた真司は、もう1人の仮面の戦士である秋山蓮と彼と行動を共にしている神崎優衣から、ミラーワールドとミラーモンスターと仮面ライダーの存在を知らされた。連続失踪事件はミラーモンスターによる捕食であり、仮面ライダーはミラーモンスターの力を使うことができる超人であった。ミラーモンスターから人々を守る決意をした真司もミラーモンスターと契約し、正式な仮面ライダー龍騎となった。
だが、仮面ライダーナイトこと蓮は、真司と共闘するどころか「龍騎を潰す」と告げて襲いかかってきた。仮面ライダーは全部で13人いるが、それぞれの目的のために、最後の1人になるまで戦わなければならない宿命にあったのだ。
真司はモンスターと戦いながらライダーバトルも止めようとするが、真司の願いとは裏腹にライダーバトルは繰り広げられていく。